Vegetative Merkmale
Die Große Kapuzinerkresse ist eine ausdauernde krautige Pflanze und erreicht Wuchshöhen von 15 bis 30 Zentimetern. Findet sie eine geeignete Unterlage, kann sie als Blattstielranker 3 Meter in die Höhe klettern. Der ohne Stütze niederliegende, fleischige Stängel kann bis zu 5 Meter lang werden. Die Blattstellung ist wechselständig.
Die Laubblätter sind in Blattstiel und Blattspreite gegliedert. Vom Blattstiel, der in der Blattmitte ansetzt, gehen neun Blattadern aus. Die einfache, ganzrandige Blattspreite ist bei einem Durchmesser von 3 bis 10, selten bis zu 17 Zentimetern schildförmig, kreis- bis leicht nierenförmig. Die Blattnerven enden am Rand nicht stachelspitzig, sondern in kleinen Ausrandungen. Nebenblätter sind nur an den Erstlingsblättern ausgebildet.
Generative Merkmale
Die Blüten befinden sich einzeln in den Blattachseln. Der Blütenstiel ist 6 bis 13 Zentimeter lang. Die zwittrige Blüte ist zygomorph mit doppelter Blütenhülle. Die fünf Kelchblätter sind bei einer Länge von bis zu 2 Zentimetern lanzettlich. Die Blütenkrone ist 3 bis 6 Zentimeter lang und gelb, orangefarben bis rot, häufig mit dunkleren Flecken. Der wenig gekrümmte Sporn misst etwa drei Zentimeter. Die beiden oberen Blütenhüllblätter sind ganzrandig, die unteren drei weisen am Übergang von der schmalen Basis zum breiten Vorderteil des Blütenblatts Fransen auf und sind orangerot. Die beiden oberen Kronblätter sind gelb mit roten Streifen. Der Sporn ist allmählich zugespitzt und bis 28 Millimeter lang. Die acht Staubblätter sind ungleich geformt und nicht miteinander verwachsen. Der aus drei Fruchtblättern zusammengesetzte Fruchtknoten trägt einen Griffel, der in einer dreigeteilten Narbe endet.
Die Frucht zerfällt bei der Reife in drei einsamige Teilfrüchte.
Die Blütezeit reicht fast durch das ganze Jahr.
Die Chromosomenzahl beträgt 2n = 22-28.
