Die Kleine Brennnessel wächst als einjährige krautige Pflanze und erreicht Wuchshöhen von 10 bis 60 Zentimetern. Die einfache, dunkelgrüne Blattspreite ist meist weniger als 5 cm lang und eiförmig-elliptisch mit keilförmiger bis stumpfer Spreitenbasis. Der Blattrand ist eingeschnitten gesägt. Der Endzahn ist nicht länger als die Seitenzähne.
Die Blüten der Kleinen Brennnessel sind getrenntgeschlechtig (monözisch) einhäusig. Die Blütenstände sind meist kürzer als der Blattstiel. Es wird eine einsamige Nussfrucht gebildet.
Die Chromosomenzahl beträgt 2n = 24.