In dem Gebäck ist meist kein Pfeffer enthalten, der Teig jedoch in der Regel würzig. Wie bei den Lebkuchen, die auch Pfefferkuchen genannt werden, geht die Bezeichnung wohl auf das Mittelalter zurück, als exotische Gewürze ganz allgemein als Pfeffer bezeichnet wurden.
Die Außenseite der Pfeffernüsse ist in der Regel mit einem weißen Zuckerguss versehen, die glatte Unterseite in neuerer Zeit oft mit einem zusätzlichen Schokoladenüberzug. Spezielle Pfeffernüsse sind auch mit rosa Zucker bestrichen oder sind zusätzlich mit zuckrigen Liebesperlen verziert.