Bereits in der Antike haben Menschen verschiedene Lebensmittel in Teig getaucht und in heißem Fett ausgebacken. Indes ist nicht überliefert, wann genau das Ausbacken von Obst wie von zubereiteten Äpfeln und damit die Apfelküchle „erfunden“ wurden. Nach den Forschungsergebnissen der Kunsthistorikerin Elke Gerhold-Knittel (1946–2007), die am Württembergischen Landesmuseum in Stuttgart tätig war, kommen sie ursprünglich aus dem Süden Baden-Württembergs. Apfelküchle wurden anfangs nur in der Fastnachtszeit und vor allem am „Schmotzigen Donnerschtag“ verzehrt – dem Donnerstag vor Aschermittwoch, an dem in der schwäbisch-alemannischen Fastnacht die eigentliche Fastnachtszeit beginnt. Schmotzig bedeutet in den alemannischen Dialekten „fettig“ und rührt daher, dass am „Fettigen Donnerstag“ gerne Fettgebackenes gegessen wird, wie zum Beispiel Fasnetsküechle oder Fasnachtskiechli oder Krapfen oder eben auch Apfelküchle. Das „gold-gelbe Schmalzgebäck“ mit der süß-säuerlichen Apfelfüllung bot eine willkommene Abwechslung und wurde über die Herkunftsregion hinaus beliebt. Zudem gehörten sie bald zu vielen süddeutschen Kirchweihfesten.
Nach Erkenntnissen des österreichischen Schriftstellers und Sachbuchautors Elmar Bereuter, der sich vielfach mit den sogenannten Schwabenkindern befasste und zudem am „Schwabenkinder-Projekt“ beteiligte, gehören Apfelküchle zu denjenigen Speisen, welche die Schwabenkinder während ihrer Saisonarbeit in Süddeutschland kennenlernten und mit zurück in ihre Heimat in den Alpenländern brachten. Als Schwaben- oder Hütekinder wurden Bergbauernkinder aus Vorarlberg, Tirol, der Schweiz und Liechtenstein bezeichnet, die von Beginn der Neuzeit bis ins frühe 20. Jahrhundert aufgrund der Armut ihrer Familien alljährlich im Frühjahr durch die Alpen zu den „Kindermärkten“ hauptsächlich nach Oberschwaben zogen, um dort als Saison-Arbeitskräfte zumeist an Bauern in Württemberg und teils auch in Baden und Bayern vermittelt zu werden. Während die Buben zu den anfallenden Arbeiten im Freien herangezogen wurden, waren die Mädchen meist im Haushalt beschäftigt. Heimgekehrt, brachten sie unter anderem verschiedene Rezepte für einfache und zugleich nahrhafte Speisen mit, die Eingang in die heimische Küche fanden. So zählen im österreichischen Vorarlberg heute Öpfelküachle, Äpfel in einem Pfannkuchenteig gebacken und mit Zimt und Zucker bestreut, zu den „klassischen“ Süßspeisen der Vorarlberger Küche.
Apfelküchle sind mindestens seit dem 18. Jahrhundert überliefert; so findet sich beispielsweise in dem 1913 veröffentlichten Kochbuch der Haushaltungs- und Kochschule des Badischen Frauenvereins eine Apfelküchle-Zubereitung mit Bierteig. Schon Ende des 18. Jahrhunderts verfeinerten baden-württembergische Hausfrauen Gerichte wie Strudel und Schmalzgebackenes mit einer besonderen Sauce, einer Weinschaumsauce: Seit damals wurde lange Zeit die „heute fast in Vergessenheit geratene Chaudeausauce […] gerne auch zu den Apfelküchle gereicht“.
Mittlerweile sind Apfelküchle weit über die Landesgrenzen Baden-Württembergs hinaus verbreitet und zudem ganzjährig ein fester Bestandteil der dortigen sowie schwäbischen Küche, sowohl als Hauptmahlzeit als auch als Dessert. Sie werden heute oft als „schwäbisches Gebäck“ eingeordnet, zudem werden sie in Süddeutschland sowie in Teilen Österreichs, der Schweiz und in Südtirol häufig mit verschiedenen Dialektbegriffen wie zum Beispiel Apfelkiachl, Apfelkiachla, Öpfelchüechli oder Öpfelküachle bezeichnet. Sowohl in Sammlungen von Klassikern der süddeutschen Regionalküche als auch in modernen Koch- und Backbüchern werden Apfelküchle regelmäßig beschrieben.
