In Schmalz gebackene Hefeballen sind im norddeutschen Raum schon für das 16. Jahrhundert belegt. Meist wurden sie jedoch unregelmäßig geformt, blieben ungefüllt und wurden im Ofen gebacken. Dort und in Dänemark finden sich noch heute verschiedenste Varianten der Förtchen.
Einer der ersten gesicherten Belege für süß gefüllte und in Fett ausgebackene Pfannkuchen ist das Frauenzimmer-Lexicon von Amaranthes aus dem Jahr 1715.
Einer populären Legende nach wurden Berliner Pfannkuchen im Jahr 1756 von einem Berliner Zuckerbäcker erfunden, der als Kanonier unter Friedrich dem Großen dienen wollte und sich als wehruntauglich erwies, jedoch als Feldbäcker beim Regiment bleiben durfte. Sozusagen „zum Dank“ schuf er die ersten „Pfannkuchen“, gab den Hefeteigstücken die runde Ballenform von Kanonenkugeln und buk sie, da kein Backofen zur Verfügung stand, über offenem Feuer in mit heißem Fett gefüllten Pfannen.
Die überregionale Verbreitung der Berliner Pfannkuchen ging in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts einher mit dem Aufstieg Berlins als Industriestadt und Hauptstadt des neu gebildeten Deutschen Reiches. Im außerordentlich erfolgreichen „Praktischen Kochbuch“ von Henriette Davidis findet sich 1847 ein Rezept für „Berliner Pfannkuchen“. Hierbei handelt es sich um einen leichten, eireichen Hefefeinteig, der vor dem Backen mit verschiedenen Fruchtzubereitungen gefüllt, dann (ohne die Teiglinge allerdings zu wenden) in Butterschmalz frittiert und anschließend mit Zucker und Zimt bestreut wird. Damit liegt bereits zu diesem Zeitpunkt ein Rezept vor, das im Wesentlichen der heutigen Zubereitungsart entspricht, der wichtigste Unterschied ist das verwendete Frittierfett.
Zum Ausklang des 19. Jahrhunderts sind in vielen überregional ausgerichteten Kochbüchern Rezepte für die Zubereitung von Berliner Pfannkuchen enthalten, im Neuen Bürgerlichen Kochbuch von Hedwig Albrecht (1896 in Dresden verlegt) wird sogar nach Berliner Art das Rezept nur mit „Pfannkuchen“ überschrieben. Ab wann die Berliner Pfannkuchen gewöhnlich gefüllt angeboten wurden, ist bislang unbekannt – zum Ende des 19. Jahrhunderts waren sie es.
Im 21. Jahrhundert verbreitete sich die internationale Verfügbarkeit des „Berliners“. Hierzu trugen insbesondere Handelsketten wie ALDI, Lidl, Edeka und Rewe aus Deutschland, Migros aus der Schweiz, Waitrose aus Großbritannien und Carrefour aus Frankreich bei, die Berliner Pfannkuchen in ihr Warensortiment aufnahmen.