Fünf verschiedene Hopi Blue Corn-Kultivare wurden in den 1950ern beschrieben. Sie zeigten deutliche Unterschiede bei bestimmten Merkmalen wie Pflanzenhöhe, Kerngewicht, Kerndurchmesser und Kerndicke. Die verschiedenen Varietäten haben Farbunterschiede zwischen fast Schwarz bis Blau-Grau und sind benannt als „Standard“-Blau (sakwaqa'o), Hart Blau (huruskwapu) und grau-blau (maasiqa'o).
Die traditionellen Hopi Blue Corn-Varietäten sind extrem Trockenheitstolerant, tiefwurzelnd und relativ niedrige Pflanzen, selten höher als 4 bis 5 ft (1,5 m). Die Rio Grande Pueblo Blue Corn-Varietäten sind größer, sie erreichen 5 bis 7 ft, stellen allerdings auch höhere Anforderungen und sind nicht so trockenheitstolerant wie die Hopi-Varietäten. Beide Hauptstämme bevorzugen tiefe, sandige Böden.
Andere ursprüngliche Varietäten des Blue Corn sind Yoeme Blue, mit kleinen Kernen, niedrigem, buschigen Wuchs (3 bis 4 ft; 1,2 m) und hoher Hitzetoleranz, eine Varietät der Wüste (low desert) die vor allem in der Salt River Pima Reservation in Arizona angebaut wird, sowie die nordmexikanische Varietät Tarahumara Maiz Azul der Tarahumara, die in den hochliegenden Wüsten am Rande der Sierra Madre in Nordmexico angebaut wird. Tarahumara Maiz Azul wird oft für Tortillas und Tamales in Mexiko verwendet, genauso wie für tesgüino, ein Maisbier der Tarahumara.
Eine traditionelle Varietät der Cherokee von der Eastern Band of Cherokee heißt Cherokee White Eagle Corn und wird an Stammesmitglieder von der Cherokee Nation Seed Bank verteilt. Diese ist eine hohe Sorte, die 5 bis 7 ft (2,1 m) Höhe erreicht, aber ebenso hohe Ansprüche stellt.
