Carnitin ist chiral, da es ein Stereozentrum enthält. Es gibt somit zwei Enantiomere, die (R)-Form [(–)-L-Carnitin] und die (S)-Form [(+)-D-Carnitin]. Dem D-Carnitin kommt praktisch keinerlei Bedeutung zu; wenn Carnitin ohne Deskriptor erwähnt wird, ist immer L-Carnitin gemeint.
| Isomere von Carnitin | ||
| Name | L-Carnitin | D-Carnitin | 
| Andere Namen | (R)-Carnitin (–)-Carnitin  | 
(S)-Carnitin (+)-Carnitin  | 
| Strukturformel | ||
| CAS-Nummer | 541-15-1 | 541-14-0 | 
| 406-76-8 (DL) | ||
| EG-Nummer | 208-768-0 | 625-884-0 | 
| 206-976-6 (DL) | ||
| ECHA-Infocard | 100.007.972 | 100.154.337 | 
| 100.006.343 (DL) | ||
| PubChem | 10917 | 2724480 | 
| 288 (DL) | ||
| DrugBank | DB00583 | – | 
| – (DL) | ||
| Wikidata | Q20735709 | Q27108687 | 
| Q243309 (DL) | ||