In Südostasien ist Reis oft neben Milch das Hauptnahrungsmittel. Weißer Reis ist poliert und wird aus ästhetischen Gründen gegenüber dem nichtpolierten (hand milled) Reis bevorzugt. Weißer Reis hat ein höheres Prestige. Da polierter Reis weniger Nährstoffe hat, kann die Beliebtheit von poliertem Reis negative gesundheitliche Auswirkungen haben. Bei fettarmer Mangelernährung ist die Aufnahme von Nährstoffen eingeschränkt, Reis selbst ist die Hauptfettquelle bei den betroffenen Menschen.
Die Substitution von herkömmlichen Reis mit Provitamin-A-haltigem Goldenem Reis soll das Vitamin-A-Defizit mindern. Kritiker führen an, dass der Goldene Reis wegen seiner gelblichen Farbe möglicherweise nicht akzeptiert wird. Die Komplexität des Problems der Mangelernährung, welche auf soziale, ökonomische und kulturelle Faktoren zurückzuführen ist, lege nahe die Lösung nicht in einer einzigen agrartechnischen Entwicklung zu suchen. Goldener Reis würde zwar den Vitamin-A-Mangel signifikant reduzieren, doch die sonstigen Erscheinungen der Mangelernährung unberührt lassen und zudem die Bauern in Abhängigkeit von den Agrargroßkonzernen lassen. Laut Greenpeace seien Mangel- und Unterernährung in der Regel ein Zeichen von Armut. Die Folgen des Vitamin-A-Mangels wären besser mit einer Kombination aus der Abgabe von hochdosierten Vitamin-A-Tabletten, Beimischungen in Grundnahrungsmitteln und einer Förderung von Obst- und Gemüsegärten abzustellen. Greenpeace berief sich dabei auf Empfehlungen der Weltgesundheitsorganisation (WHO) zum konventionellen Vorgehen. Gemäß einer 2012 veröffentlichten Studie erschweren dies eine monokulturelle Ausrichtung der Subsistenzwirtschaft, mangelnde Infrastruktur, Zugänglichkeit und Bildungsferne. Den Autoren der Studie zufolge seien Betroffene mit modifiziertem Saatgut und nährstoffreicheren Sorten sicherer zu erreichen. Studien zur Anwendung von Vitaminpillen in Äthiopien ergaben, dass diese als kurzfristige Krisenintervention hilfreich seien, sich jedoch Maßnahmen zu einer nachhaltigen Lebensmittelversorgung anschließen müssten, ebenso sei es erforderlich Personen mit geringem Einkommen hinsichtlich der Ernährung zu unterstützen. Selbst die (konventionelle) systematische Anreicherung von Grundnahrungsmitteln scheitert (2015) in manchen Ländern Afrikas nach wie vor am Fehlen selbst einfachster Voraussetzungen.
Feldversuche mit Goldenem Reis wurden zunächst 2004 in den USA im Bundesstaat Louisiana durchgeführt. Die USA haben das Cartagena-Protokoll nicht unterzeichnet. Nach längeren Genehmigungsverfahren und zum Teil heftigen örtlichen Kontroversen wurden ab 2008 auch in Entwicklungsländern wie den Philippinen, in Bangladesch Indien und in Vietnam Freilandtests durchgeführt. Goldener Reis wurde in lokale Sorten eingekreuzt; es wurden die zur Zulassung als Kulturpflanze notwendigen Tests durchgeführt. In einigen dieser Länder sind bereits natürlich entstandene Farbvarianten wie Grüner (Vietnam) oder Roter Reis (Philippinen, Indien) etabliert.
Die beim Goldenen Reis gewählte Technologie stellt wegen der Übertragung von artfremdem Erbgut von einem Organismus auf den anderen eine besonders umstrittene Gentechnikvariante dar. Potrykus hatte selbst große Hoffnung in den Ansatz gesetzt, stieß aber auf vehemente Widerstände. Die Herstellung von transgenen Organismen wird auch bei humanitär motivierten Vorhaben wie dem Goldenen Reis von einigen Philosophen und Ethikern als Hybris, als grundsätzlich falscher Umgang mit der Natur und dem Menschen nicht zustehende Manipulation der Natur abgelehnt. Demgegenüber wird auf den grundsätzlich manipulativen Charakter von Landwirtschaft wie Unterschiede bei gentechnischen Verfahren und den so modifizierten Lebewesen verwiesen, die ein solches prima facie Argument unwirksam machten. Ethische Aspekte des Goldenen Reises und der Gentechnik wurden auch bei einer Tagung der Päpstlichen Akademie der Wissenschaften 2009 besprochen, Potrykus fand dabei Anerkennung und Unterstützung für sein Projekt.
Die Entwicklung eines massenhaft anwendbaren Reises mit ausreichenden Vitamingehalten war auch nach 2000 nicht so einfach wie anfangs dargestellt. Die einst besprochenen ersten Entwicklungsstufen des Goldenen Reises hatten deutlich zu geringe Vitamin-A-Gehalte, die verwendeten Sorten und Kultivare waren für den Einsatz in Entwicklungsländern wenig tauglich. Die Lebensbedingungen der Menschen in Vitamin-Mangelgebieten, extreme Armut und geringe Verfügbarkeit von Fetten als Nahrungsmittel schränken die Aufnahme aus dem Reis selbst auch ein. Die patentrechtlichen und zulassungstechnischen Vorgaben und nicht zuletzt der finanzielle Aufwand für Forschung und Entwicklung sind vergleichsweise hoch. Die möglichen Einnahmen aus Nahrungsmitteln mit gentechnisch veränderten Organismen sind gerade wegen der humanitären Ausrichtung auf Menschen in extremer Armut deutlich geringer als in der mittlerweile akzeptierten Roten Gentechnik. Konkurrenz erwuchs dem Goldenen Reis unter anderem mit dem Harvest-Plus-Programm, bei dem versucht wird, entsprechend nährstoffreichere Sorten durch klassische Züchtungsansätze herzustellen. Nicht zuletzt hat sich die Ernährungssituation, insbesondere in Asien, seitdem bereits unabhängig von den Reisvarianten aus wirtschaftlichen Gründen verbessert.
