In den Lübecker Zunftrollen wurde Martzapaen erstmals im Jahr 1530 erwähnt. Lübecks Ruf als Marzipanstadt, seine Vorrangstellung bei der Marzipanproduktion, wurde nach 1800 begründet.
Am 25. Mai 1786 gründete der in Heidelberg geborene Konditormeister Johann Gerhard Maret (1753–1804) direkt am Lübecker Marktplatz (heute Markt 17) sein Café Maret, das er seiner Frau und ihrem kleinen Sohn Peter August hinterließ. Sein in Ulm geborener Geselle Johann Georg Niederegger führte die Konditorei weiter, von 1806 bis 1822 auf eigene Rechnung. 1822 übernahm der nun mündige Peter August Maret das Café Maret, und Niederegger gründete seine eigene Konditorei gegenüber dem Rathaus in einem ein Jahr zuvor erworbenen Haus. In den folgenden Jahrzehnten wurden in Lübeck etwa ein Dutzend Marzipan-Fabriken gegründet, die den Grundstein für die heutige weltweite Verbreitung der Süßigkeit legten. Der gesetzliche Schutz der geographischen Herkunftsbezeichnung folgte 1996 und wurde im gesamten Bereich der Europäischen Union anerkannt.
Lübecker Marzipan gibt es außer von Niederegger von den Herstellern Erasmi & Carstens, Lubeca, Johannes Heinr. Martens GmbH & Co. KG, Marzipanland GmbH (Marzipan-Speicher), Mest-Marzipan GmbH und Lubs.
Königsberger Marzipan besteht ebenso wie Lübecker Marzipan aus Marzipan-Rohmasse. Zusätzlich wird das Königsberger Marzipan zum Schluss leicht abgeflämmt, also angebräunt.