Nach bisherigen Erkenntnissen inhibiert Spermidin die neuronale NO-Synthase (nNOS, ein Enzym, welches Stickstoffmonoxid (NO) synthetisiert), bindet und präzipitiert DNA, stimuliert die Aktivität der T4-Polynukleotidkinase und trägt zur Verbesserung der Beschichtung mit DNA bei der Munition der Genkanone bei.
Spermidin induziert die Autophagie. Die Induktion von Autophagie durch Spermidin beruht unter anderem auf einer Inhibierung von Acetyltransferasen wie EP300. Als weitere potentielle Mechanismen wurden unter anderem transkriptionelle Effekte, eine Stabilisierung des Mikrotubuli-assoziierten Proteins 1S (MAP1S) sowie eine Modulierung des mTOR-Signalwegs beschrieben.