Dieser Käse wurde im frühen 16. Jahrhundert von Zisterziensermönchen der Abtei von Citeaux erfunden. Seinen Namen verdankt er der gleichnamigen Gemeinde, die in der Produktionsregion Bourgogne-Franche-Comté liegt. Das Herstellungsverfahren wurde von den Mönchen an die umliegenden Bauern weitergegeben, die es weiter verbesserten.
Jean Anthelme Brillat-Savarin schrieb in seinem 1826 erschienenen Buch „Physiologie du Goût“ (deutsch: „Physiologie des Geschmacks“) über den Époisses, er sei der König der Käse.
Um 1900 gab es etwa 100 Hersteller.
Nach dem Zweiten Weltkrieg waren es nur noch einige wenige kleine Produzenten, bis Robert und Simon Berthaut 1954 ihre Käserei Berthaut gründeten und 1956 wieder mit seiner Produktion begannen.
2018 gab es 44 Milchproduzenten und 7 Käsereien, die nach den AOP-Richtlinien arbeiten und 1800 Tonnen Époisses im Jahr herstellen.