Die interdisziplinär arbeitende Fachbehörde wurde am 1. Januar 2002 gegründet und entstand auf der Basis der damaligen Landesuntersuchungsämter für das Gesundheitswesen Nord- und Südbayern sowie aus Teilen der Landwirtschaftsverwaltung. 2004 wurden einzelne Bereiche des ehemaligen Landesamtes für Arbeitsschutz, Arbeitsmedizin und Sicherheitstechnik integriert.
Seit 1. Februar 2022 wird sie von Christian Weidner geleitet.