Zur Zubereitung werden die Nieren zuerst von ihrer Fettkapsel befreit und enthäutet sowie der Harnstrang entfernt. Anschließend werden sie gewässert. Um den Urin möglichst weitgehend auszuspülen, empfiehlt sich mehrfaches Wässern. Eine andere Methode besteht darin, die Nieren in Milch einzulegen. Je nach Rezept werden die so vorbereiteten Nieren in Scheiben oder Würfel geschnitten und kurz gedünstet, geschmort oder gebraten. Bei zu langer Garzeit werden sie hart. Wie Lebern dürfen Nieren erst gegen Ende gesalzen werden. Wird aus dem Bratensatz eine Sauce hergestellt, sollten die Nieren vorher herausgenommen und nur zum Schluss noch einmal kurz in ihr erwärmt werden, da sonst der Geschmack der Sauce leidet.
Ein traditionelles süddeutsches und rheinisch-westfälisches Gericht sind Saure Nieren. Das bekannte Zürcher Geschnetzelte wird in der klassischen Zubereitungsart ebenfalls mit geschnetzelten Nieren (Nierli) verfeinert. Zudem können Nieren als Suppe zubereitet werden.
