Aspergillus clavatus wächst in flachen oder leicht pelzartigen Kolonien, das Mycel ist für Aspergillus-Kolonieen eher dünn, und die Konidiophore wachsen zwischen 1,5 und 3 Millimeter hoch aus. Sie durchmessen 20 bis 30 Mikrometer. An den Stielen entstehen große, blau-grüne, keulenförmige Köpfe. In einigen Stämmen verfärben sich die Köpfe mit dem Alter nach braun, in anderen Stämmen riechen die Kolonien stark übelriechend.
Die Köpfe sind 300 bis 400 Mikrometer lang und zwischen 150 und 200 Mikrometer breit. Im Alter teilen sich die Köpfe in zwei, drei oder mehrere kompakte Klumpen aus Konidienketten und können dann bis zu 1 Millimeter durchmessen. Die Sterigmata stehen in einer einzelnen Reihe und messen an der Basis der Keule 2,5–3,5 × 2,0–3,0 μm und an der Spitze der Keule 7,0–8,0 (in Extremfällen bis 10 μm) × 2,5–3,0 μm.
Die Konidien sind elliptisch und dickwandig. Sie messen 3,0–4,5 × 2,5–3,5 μm.
