Harzer Käse stammt ursprünglich aus dem nördlichen Harzvorland, zum Beispiel aus den Ortschaften Bad Harzburg, Vienenburg oder Immenrode. Bereits im 18. Jahrhundert wurde der Käse im Harz industriell aus entrahmter Sauermilch produziert, da die Butterproduktion im Vordergrund stand.
Der Name „Harzer Käse“ ist allerdings keine geschützte Herkunftsbezeichnung und das Produkt wird heute fast ausschließlich außerhalb des Harzes hergestellt. Harzer Käse kommt heute aus Hessen, Niedersachsen, Sachsen, Sachsen-Anhalt und Thüringen.