Der Pasteur-Effekt geht auf ein 1861 von Louis Pasteur entdecktes Phänomen zurück. Er hat beobachtet, dass Hefen unter anaeroben Bedingungen mehr und schneller D-Glucose verbrauchen als unter aeroben Bedingungen. Gleichzeitig wird auch viel mehr Ethanol produziert. Ein analoger Effekt lässt sich bei höheren Eukaryoten finden. Unter anaeroben Bedingungen entsteht im Muskel Lactat, das Anion der Milchsäure. Gleichzeitig wird mehr Glucose in der Glykolyse zu Pyruvat umgesetzt als unter aeroben Bedingungen, bei denen eine Anhäufung des Lactats nicht mehr beobachtet werden kann. Die Entstehung des Ethanols bzw. Lactats sind Folgen der alkoholischen Gärung bzw. der Milchsäuregärung (siehe auch: Fermentation).
1926 bezeichnete Otto Warburg diese Beobachtung als „Pasteursche Reaktion“, was später zu „Pasteur-Effekt“ wurde.