Züchter der Sorte war Diedrich Uhlhorn junior aus Grevenbroich, der schon die Apfelsorten Zuccalmaglios Renette und Freiherr von Berlepsch auf den Markt gebracht hatte. Aus welchen Sorten er den Blauen Kölner in den 1890er Jahren gezüchtet hat, ist unbekannt. Man vermutet darunter die nordamerikanische Sorte McIntosh, mit der der Blaue Kölner mitunter verwechselt wird.
Uhlhorn brachte die Sorte selbst nicht mehr auf den Markt. Das Vermehrungsmaterial wurde nach seinem Tod in der 1900 von Julius Hönings gegründeten Baumschule in Neuss aufbewahrt. Ab 1955 pflanzte Peter Nicolin, Besitzer einer Baumschule in Grevenbroich, Apfelbäume dieser Sorte in Köln und Umgebung und gab der Frucht auch ihren Namen Blauer Kölner. Da Nicolin geschäftlich in Richtung Köln orientiert war, taufte er die Sorte Kölner und fügte das Attribut blau als Anspielung auf die Farbe der Äpfel hinzu, vermutet wird aber auch eine „ironische Anspielung auf den Karneval“ oder auf die gleichnamige Rebsorte.