Vegetative Merkmale
Der Kriechende Günsel ist eine ausdauernde krautige Pflanze, die Wuchshöhen von 10 bis 30 (bis 50) Zentimeter erreicht. Sie besitzt ein kurzes, kräftiges Rhizom und lange Ausläufer, die sich nur an den Endknoten bewurzeln. Nur eine im Gebirge auftretende Varietät (var. alpina (Vill.) W.D.J.Koch) hat keine Ausläufer. Der meist aufrechte Stängel ist vierkantig, unten rot-violett überlaufen und im oberen Bereich ringsum oder nur zweizeilig flaumig behaart.
Die Laubblätter sind in grundständigen Rosetten und gegenständig am Stängel verteilt angeordnet. Die gestielten Laubblätter sind eiförmig-spatelig und oberseits glänzend. Der Blattstiel nimmt ein Viertel bis die Hälfte der Blattlänge ein. Die Blätter sind 4 bis 8 (bis 12) Zentimeter lang und 1 bis 3 (bis 5) Zentimeter breit. Sie sind meist wellig bis seicht gekerbt oder fast ganzrandig, runzelig und beiderseits oder nur unterseits kurz rauhaarig. Es sind wenige Stängelblätter vorhanden, manchmal trägt schon das unterste, spätestens aber das drittunterste Paar Blüten.
Generative Merkmale
Die Blütezeit reicht von April bis Juni, selten blühen einzelne Pflanzenexemplare auch noch später. Die Blüten stehen in 3- bis 6-blütigen Zymen, die zu zweit einen Scheinquirl bilden. Vier bis 8 Scheinquirle, von denen die untersten entfernt stehen und die oberen zusammengedrängt sind, bilden zusammen einen scheinährigen Blütenstand. Die Tragblätter sind einfach.
Die zwittrigen Blüten sind zygomorph und fünfzählig mit doppelter Blütenhülle. Die Blütenkronen sind meist blau gefärbt mit helleren Streifen, seltener rosafarben oder weiß (Albino). Eine Besonderheit der 1 bis 1,5 Zentimeter langen Blütenkronen ist die scheinbar fehlende, aber tatsächlich vorhandene aber winzige Oberlippe. Die Blüten sind sehr kurz gestielt; der Kelch ist glockig, mehr oder weniger rauhaarig und zur Fruchtzeit nur wenig vergrößert. Die Kelchzähne sind dreieckig und etwas so lang wie die Kelchröhre. Die Kronröhre ist lang und gerade, sie ist außen flaumig behaart und hat innen tief unter den Staubblättern einen weißen Haarkranz. Die Kronoberlippe ist kurz zweispitzig. Die Unterlippe ist halb so lang wie die Kronröhre, tief dreilappig mit ausgerandetem Mittellappen. Die Staubblätter sind fast gleich lang und tragen gelbe Staubbeutel. Typisch für Lippenblütler werden vierteilige Klausenfrüchte gebildet, die in vier einsamige Teilfrüchte zerfallen (Bruchfrucht). Sie sind eiförmig, etwa 2 Millimeter lang, sehr fein netzig und haben eine fast die ganze Innenseite einnehmende, vom Elaiosom bedeckte Anheftungsfläche.
Die Chromosomenzahl beträgt 2n = 32.