Vegetative Merkmale
Die Alpen-Mutterwurz wächst als mehrjährige krautige Pflanze und erreicht Wuchshöhen von 10 bis 20, selten bis 50 cm. Der Stängelgrund besitzt einen typischen dichten Faserschopf. Der aufrechte Stängel selbst ist unten rund und oben oft zunehmend kantig. Die Laubblätter sind im Umriss dreieckig und doppelt bis dreifach gefiedert. Sie sind überwiegend grundständig; aber auch der Stängel besitzt meist 1-2 kleinere Laubblätter. Die Pflanze wurzelt bis über einen Meter tief. Die Pflanzenteile duften aromatisch, dieser Duft bleibt selbst noch im Heu enthalten.
Generative Merkmale
Die Blütezeit reicht von Juni und August. Der doppeldoldige Blütenstand besitzt im Gegensatz zur Zwerg-Mutterwurz (Pachypleurum mutellinoides) keine (oder 1-2 hinfällige und ganzrandige) Hüllblätter und ist 7- bis 15-strahlig. Die jeweils etwa 3 mm großen fünfblättrigen Blütenkronen sind selten weiß, in der Regel jedoch purpurfarben bis rosafarben/rot. Die stets gerippte Frucht ist etwa 5 mm lang und etwa 3,5 mm dick.
Die Chromosomenzahl beträgt 2n = 22.
