Combattre les infections bactériennes, améliorer l'élevage aquacole
Le Dr Salvador Almagro-Moreno, microbiologiste du College of Medicine, et le Dr Otto Cordero, du MIT, ont récemment reçu une subvention de la National Science Foundation pour créer des microbiomes synthétiques - communautés de micro-organismes - qui permettront de mieux protéger les environnements aquatiques contre les bactéries.
L'équipe a découvert que les microbes sont organisés en "modules écologiques" qui pourraient être mélangés et assortis pour construire des microbiomes permettant de mieux lutter contre les agents pathogènes. Ils travaillent avec des élevages de crevettes en Équateur pour créer de nouvelles communautés microbiennes pour l'aquaculture qui amélioreront la santé des crevettes.
Selon la National Oceanic and Atmospheric Administration, environ 50 % des produits de la mer consommés dans le monde proviennent de l'aquaculture, et ce chiffre devrait augmenter à mesure que la demande mondiale de produits de la mer dépasse les sources naturelles. Les fermes aquacoles élèvent des crevettes et d'autres fruits de mer dans des bassins fermés où les bactéries peuvent infecter l'ensemble du stock et poser un problème de santé potentiel pour les consommateurs.
L'équipe de l'UCF-MIT travaille avec des agriculteurs équatoriens, car ce pays est l'un des trois principaux exportateurs de crevettes au monde. En 2022, l'Équateur a produit 2,34 milliards de livres de crevettes d'une valeur de plus de 6,6 milliards de dollars, dont une grande partie est destinée aux marchés américains.
"Toute maladie peut se propager rapidement et il est difficile de distinguer les crevettes infectées de celles qui ne le sont pas", explique le Dr Almagro-Moreno. "Les effets des micro-organismes sur la santé animale et la résistance aux maladies sont des domaines qui peuvent avoir un impact important sur notre capacité à produire des aliments.
En utilisant une espèce de crevette saline à croissance rapide appelée Artemia salina, l'équipe testera comment différentes communautés microbiennes synthétiques augmentent la résistance de la crevette à Vibrio parahaemolyticus, une bactérie pathogène qui se propage dans l'eau. Le Dr Almagro-Moreno compare ce processus à l'utilisation de probiotiques pour améliorer la santé intestinale, mais de manière plus sophistiquée et ciblée.
"Il s'agit d'une application dans le monde réel", a déclaré le Dr Almagro-Moreno, qui ne se contentera pas de suivre la propagation des bactéries, mais étudiera également la manière de maximiser la production de crevettes. L'équipe espère aider les agriculteurs à comprendre comment et pourquoi les bactéries infectent les fermes aquacoles et quels sont les meilleurs moyens de les prévenir.
L'UCF a reçu près de 500 000 dollars de la NSF pour son travail sur le projet. La subvention financera également un programme de transition entre l'UCF-MIT et le Centre national pour l'aquaculture et la recherche marine en Équateur. Cette collaboration permettra aux scientifiques américains de se rendre en Équateur pour partager leurs idées, mettre en œuvre de nouveaux systèmes et faire venir des chercheurs équatoriens en Amérique pour qu'ils apprennent les nouvelles techniques et approches de l'équipe.
"Notre objectif ultime est d'appliquer ces techniques à la production aquacole des États-Unis, par exemple dans les parcs à huîtres, et, à terme, de pouvoir traiter et prévenir les infections humaines", a déclaré le Dr Almagro-Moreno.
L'utilisation de microbiomes synthétiques pour prévenir les infections bactériennes est la dernière voie empruntée par le Dr Almagro-Moreno, dont les travaux portent sur Vibrio cholerae, responsable du choléra, et sur Vibrio vulnificus, une bactérie mangeuse de chair que l'on trouve principalement sur la côte est de la Floride. Son équipe étudie les facteurs environnementaux et les caractéristiques génétiques pour comprendre comment des bactéries inoffensives évoluent et s'adaptent pour devenir infectieuses pour l'homme.
Auteur de 42 publications dans des revues et ouvrages prestigieux, il joue un rôle croissant en tant que communicateur scientifique sur les maladies infectieuses. L'année dernière, Trends in Microbiology, la principale revue de microbiologie, l'a invité à rédiger un article de couverture sur l'émergence des agents pathogènes, et le magazine American Scientist lui a demandé de rédiger un article de couverture sur l'importance de comprendre comment les agents pathogènes évoluent. Cette année, il a codirigé un livre sur les infections à Vibrio spp. pour Springer Nature et donne un avis d'expert à la FDA sur les bactéries mangeuses de chair. La Research Corporation for Science Advancement l'a récemment nommé Scialog Fellow pour ses travaux sur les risques liés aux nouveaux agents pathogènes émergents. L'année dernière, il a été la première personne de l'UCF à recevoir le très prestigieux Burroughs Wellcome Fund Investigator Award in the Pathogenesis of Infectious Disease.
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