Patxaran ist in Navarra bis ins 15. Jahrhundert nachzuweisen. So soll im Jahr 1441 die erkrankte Königin Blanka von Navarra im Kloster Santa María de Nieva den Likör als Medizin zu sich genommen haben.
Bis ins 19. Jahrhundert war er jedoch nur im ländlichen Navarra anzutreffen. In den 1950er Jahren wurde er durch die beginnende kommerzielle Herstellung und Vermarktung bekannter. Federführend waren dabei die Familien Velasco (Ambrosio und Jaime) in Viana, die auch die ersten der heute bekannten Patxaran-Marken etablierten.
Ursprünglich wurden auch für den kommerziell hergestellten Likör wildwachsende Schlehen verwendet. Seit ungefähr 1997 werden die Schlehen in Plantagen angebaut, um der verstärkten Nachfrage zu begegnen.
Um den Patxaran aus Navarra nach seiner stärkeren Verbreitung vor Nachahmerprodukten minderer Qualität zu schützen, wurde im Jahre 1988 die Aufsichtsbehörde zur Patxaran-Herstellung der Consejo Regulador del Pacharán Navarro und das Güte- und Herkunftssiegel Denominación de Origen del Pacharán eingerichtet.
