De nouvelles aides sont en passe d'être mises à la disposition des exploitations agricoles de la Colombie-Britannique confrontées à des ravageurs et à des maladies
Genome BC finance trois projets de génomique visant à protéger les cultures de fruits et légumes de la Colombie-Britannique
La Colombie-Britannique abrite un secteur de production fruitière et maraîchère très dynamique, qui répond aux besoins des consommateurs locaux et exporte pour 1,2 milliard de dollars de produits vers les marchés du monde entier. Cependant, ces dernières années ont été marquées par des changements dans la production végétale liés au climat, ainsi que par la prolifération d’agents pathogènes et d’espèces nuisibles.
Trois nouveaux projets de recherche financés par Genome British Columbia (Genome BC) visent à mettre au point des outils destinés à aider les agriculteurs à protéger les précieuses cultures de la Colombie-Britannique. Ces projets partagent un objectif commun : améliorer la détection précise et l’intervention précoce, permettant ainsi au secteur agricole de mieux gérer les menaces.
Deux projets visent à lutter contre les ravageurs : le premier améliore les tests permettant d’identifier les nématodes parasites qui attaquent les systèmes racinaires des plantes. Le second développe un biopesticide respectueux de l’environnement qui utilise de la levure pour lutter contre les vers fil de fer qui affectent bon nombre des principales cultures agricoles de la Colombie-Britannique.
Le troisième projet porte sur la mise au point d’outils de diagnostic permettant d’identifier plus rapidement les agents pathogènes responsables de pertes économiques considérables dans plusieurs types de cultures fruitières.
Maintenir à jour les services de détection des parasites
Les nématodes parasites des plantes (NPP) sont des vers microscopiques translucides qui se nourrissent des racines et des tissus végétaux, provoquant un retard de croissance, une baisse des rendements et une plus grande vulnérabilité aux maladies et à d’autres parasites. Ils peuvent affecter la quasi-totalité des cultures d’importance économique et ont entraîné plus de 173 milliards de dollars américains de pertes annuelles pour le secteur agricole mondial.
En Colombie-Britannique, plusieurs espèces de NPP potentiellement nuisibles sont présentes dans les champs de légumes et de baies, les vignobles et les vergers, ce qui représente un risque pour les secteurs de l’agriculture et de l’horticulture. La province ne dispose actuellement d’aucun service de diagnostic des NPP, car les méthodes existantes sont coûteuses, nécessitent beaucoup de main-d’œuvre et exigent une expertise approfondie pour l’identification spécifique des espèces.
Pour relever ce défi, le Dr Paul Adams (Université polytechnique de Kwantlen), le Dr Paul de la Bastide (ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation de la Colombie-Britannique (BC MAF)) et le Dr Thomas Forge (Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC)) dirigent un projet visant à mettre au point des tests de diagnostic par qPCR pour détecter et quantifier huit espèces de PPN d’importance économique en Colombie-Britannique. Des échantillons de sol sont prélevés dans toute la province, analysés pour détecter la présence d’espèces de PPN, puis utilisés pour valider la précision et la sensibilité des différents tests qPCR.
Ces nouveaux tests permettront à terme au laboratoire phytosanitaire du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation de la Colombie-Britannique d’offrir un service de diagnostic des nématodes essentiel aux producteurs agricoles, favorisant ainsi la détection précoce et la prise de décisions éclairées en matière de lutte contre les ravageurs.
Une lutte contre les ravageurs innovante et respectueuse de l’environnement
Les vers fil de fer constituent un ravageur bien connu des producteurs de pommes de terre, de maïs et de céréales en Colombie-Britannique. Ces insectes, qui sont des larves de coléoptères cliquets, causent d’importants dégâts aux cultures — représentant en moyenne plus de 11 millions de dollars par an dans l’Ouest canadien — en se nourrissant de racines, de graines, de tiges et de tubercules.
Le Dr John Husnik et son équipe chez Renaissance Bioscience mettent au point une solution ciblée et naturelle pour protéger les cultures contre ces ravageurs, en utilisant de la levure et l’interférence ARN (ARNi). Il s’agit d’un biopesticide contenu dans une cellule de levure biodégradable servant d’appât. Ce traitement se dégrade naturellement, ce qui en fait une option plus respectueuse de l’environnement que les pesticides chimiques.
« L’ARNi est extrêmement spécifique », explique le Dr Husnik. Cette précision permet à l’équipe de sélectionner des régions de séquences génétiques correspondant à des espèces spécifiques de la Colombie-Britannique, puis de valider leurs données sur des vers fil de fer vivants avant de les tester avec l’appât.
Après avoir validé des essais sur le doryphore de la pomme de terre, l’équipe est convaincue qu’une solution est à portée de main pour les agriculteurs de la Colombie-Britannique. « Un biopesticide prêt à l’emploi, fondé sur les omics, offrira aux agriculteurs une solution durable, tout en positionnant la Colombie-Britannique comme un leader mondial de l’innovation agricole », déclare le Dr Husnik.
Des outils plus performants de détection des agents pathogènes pour les cultures fruitières
Un projet dirigé par la Dre Shauna-Lee Chai (AAC) et le Dr Pragyan Burlakoti (MAF de la Colombie-Britannique) vise à renforcer la lutte contre les maladies des cultures fruitières en développant des tests permettant d’identifier plus efficacement deux agents pathogènes majeurs.
Le laboratoire de santé des végétaux du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation de la Colombie-Britannique a identifié le complexe Pseudomonas syringae et les espèces Phytophthora spp. comme deux agents pathogènes particulièrement problématiques pour la gestion des cultures de baies et de fruits d’arbres de la province. Phytophthora spp. (dont le nom signifie littéralement « destructeur de plantes ») est responsable d’environ 30 % des pertes de rendement sur les framboises de la Colombie-Britannique au cours des 35 dernières années. À l’heure actuelle, on en sait encore trop peu sur les différentes souches de ces agents pathogènes et sur la manière dont elles affectent les différents types de fruits.
Le chercheur principal, le Dr Rishi Burlakoti (AAC), produira des données de séquençage du génome complet pour ces deux agents pathogènes et mettra au point des outils de diagnostic rapides et sensibles par PCR et qPCR. Ces outils permettront d’identifier les agents pathogènes présents sur les tissus végétaux infectés au niveau de l’espèce. Des tests plus précis amélioreront les services de diagnostic fournis par le laboratoire de santé des végétaux et permettront d’élaborer des plans de gestion des maladies ciblés et efficaces pour le secteur agricole.
« Nous utilisons depuis 20 ans des tests obsolètes pour détecter ces maladies. Nous avons été témoins des difficultés rencontrées par les agriculteurs », explique le Dr Chai, qui se réjouit de ces progrès technologiques. « Il s’agit là d’une excellente application des outils génomiques pour moderniser nos processus en vue de l’avenir. »
« Alors que la demande en production alimentaire locale augmente, les outils génomiques peuvent offrir des moyens efficaces et durables de gérer et de protéger la précieuse production des agriculteurs de la province », déclare Sally Greenwood, directrice des opérations et vice-présidente des affaires publiques chez Genome BC. « La biotechnologie et l’agroalimentaire sont deux secteurs importants en Colombie-Britannique. Leur association renforce le potentiel de prospérité des deux secteurs et apporte des avantages à la population et à la province de Colombie-Britannique. »
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