Dekkera bruxellensis besitzt eine sehr variable Zellform. Auf Malzextrakt-Agar bildet sie eiförmige, ellipsoide bis länglich zylindrische Zellen mit 2–7× 3,5,28 µm. Die Zellen sind einzeln, paarig oder auch in kurzen Ketten oder Gruppen. Auch Pseudohyphen werden häufig produziert. Ein zusammenhängendes, flockiges und etwas schleimiges Sediment wird gebildet. Ein leichter Ring ist vorhanden und manchmal auch ein Häutchen. Auf Malzagar mit 2 % Kalziumkarbonat zeigt die ausgestrichene Kultur nach sechs Wochen einen eingeschränkten, kuppelförmigen Wuchs. Die Kolonie ist cremefarben bis bräunlich-creme, glatt oder faltig. Unter diesen Bedingungen wird Essigsäure produziert. Makroskopisch sichtbare Kolonien sehen weißlich aus und haben je nach Alter und Größe einen kuppelförmigen Aspekt.
Bei der Ascosporenbildung werden die Hefezellen direkt in Asci umgewandelt, die vier Ascosporen beinhalten. Diese sind hutförmig oder auch sphärisch mit einer tangentialen Krempe. Sie werden bald nach der Reife freigegeben und neigen zum Verkleben. Die Sporenbildung ist normalerweise spärlich. Bei hitzebehandelten Asci konnten keine Kreuzungstypen zurückgewonnen werden und die meisten untersuchten Stämme sind vermutlich homothallisch.
