Erscheinungsbild und Laubblatt
Die Eberraute wächst als Halbstrauch oder ausdauernde krautige Pflanze und erreicht Wuchshöhen von meist 50 bis 130, selten bis zu 170 Zentimeter. Sie ist aromatisch duftend. Die Wurzeln sind dick und verholzen. Jede Pflanze bildet relativ viele aufrechte, verzweigte Stängel, die an ihrer Basis verholzen können und braun, kahl oder spärlich behaart sind.
Die wechselständig angeordneten Laubblätter sind gestielt. Die bei einer Länge von (2 bis) meist 3 bis 6 Zentimeter und einer Breite von 0,2 bis 1,5 Millimeter im Umriss breit eiförmige Blattspreite ist zwei- bis dreifach fiederteilig. Die Blattabschnitte sind linealisch bis fadenförmig. Die Blattoberseite ist kahl und die Blattunterseite ist spärlich behaart.
Blütenstand, Blüte und Frucht
Die Blütezeit reicht vom Juli bis Oktober. Bei einer Länge von 10 bis 30 Zentimetern und einem Durchmesser von 2 bis 10 Zentimetern weit verzweigten Gesamtblütenständen sind zahlreiche, nickende, relativ kleine körbchenförmige Teilblütenstände in Trauben angeordnet. Die eiförmige Körbchenhülle (Involucrum) enthält viele, dachziegelartig angeordnete, angedrückte und spärlich behaarte, länglich-elliptische Hüllblätter. Die äußeren Hüllblätter sind langlich-lanzettlich und spitz; die inneren Hüllblätter sind verkehrt eiförmig, stumpf und breit hautrandig. Der flache Körbchenboden besitzt keine Spreublätter.
Die Blüten sind alle röhrig. Die 14 bis 16 (selten bis zu 20) in der Mitte stehenden Blüten sind zwittrig und die meist vier bis acht (selten bis zu 15) randständigen weiblich. Die drüsigen, gelben Kronblätter sind zu einer 0,5 bis 1 Millimeter langen Röhre verwachsen.
Die kahlen und oft hellbraunen Achänen sind bei einer Länge von 0,5 bis 1 Millimeter ellipsoid, zwei- bis fünfkantig sowie schwach gerippt.
Chromosomenzahl
Die Chromosomenzahl beträgt 2n = 18.
Inhaltsstoffe
Die Eberraute enthält 0,18 bis 1,4 % ätherisches Öl, 2 bis 3 % Abrotanin sowie Bitterstoffe. Je nach chemischer Rasse und Standort ist der Hauptbestandteil entweder 1,8-Cineol (bis zu 60 %) oder Thujon (bis zu 70 %). Weitere Inhaltsstoffe sind Fenchene, Sabinen, Borneol, p-Cumen, α- und β-Caryophyllen. Eberrautenöl enthält die heterocyclischen Sesquiterpene Davanol, Davanon und Hydroxydavanon. Nichtflüchtige Inhaltsstoffe sind das Alkaloid Abrotin, Cumarine (Isofraxidin, Umbelliferon), Flavonglycoside (Rutin) und freie Flavonolether (verschiedene Dimethylether des Quercetins). Den bitteren Geschmack verursachen Sesquiterpenlactone (Absinthin) und das Glycosid Rutin.